به نمایه سازی مجموعه های تخصصی کوچک به ویژه در حوزه موضوعی زیست پزشکی گرایش قابل توجهی وجود دارد. در یک نمونه (بورست و دیگران، ۱۹۹۲) و برای تعیین خودکار توصیفگرهای بالینی مرتبط، متن خلاصه های مربوط به بیماران مرخص شده تجزیه و تحلیل شد. الیور و آلتمن (۱۹۹۴) سیستم تقریباً مشابهی را توصیف کرده اند که سوابق پزشکی را تجزیه و تحلیل میکند و به طور خودکار اصطلاحات مربوط به نامگذاری منظم  داروهای انسانی و دامی (السنومد) آنها را اختصاص می دهد.

گرچه برای استفاده از نمایه سازی تخصیصی از این نوع در موضوعات تخصصی کارایی قابل پذیرشی ادعا شده است، اما چنین فرایندهای خودکاری عموما نمی توانند به سطح کارایی نمایه سازان انسانی دست یابند (برای مثال به چیوت" و یانگ"، ۱۹۹۳) مراجعه کنید). با این وجود، نمایه سازی های خودکاری از این نوع میتوانند از طریق تخصیص های اولیه اصطلاحات، از بار سنگین مسئولیت نمایه سازان انسانی بکاهند. ریبند فلش" و آرونسون (۱۹۹۴) برخی از ابهامات مربوط به بازنمایی از متن به واژگان پزشکی را مورد بحث قرار داده و قواعدی را برای ابهام زدایی ارائه داده اند.

 لیرو و لیرو ( ۱۹۹۰) سیستم خبرهای را وصف کردهاند که برای کمک به تولید اطلاعات کتاب شناختي موضوعی - تخصصی طراحی شده بود. وقتی رکوردهای کتاب شناختی از یک پایگاه درون خطی بازیابی و ذخیره شدند، سیستم برای تهیه نمایه های نویسنده و موضوعی به کمک می آید: کلیدواژه هایی که باید اطلاعات کتاب شناختی با آنها منظم شوند با توصیفگرهای موجود در رکورد کتاب شناختی مقایسه شده و منطبق میگردند. نمایه سازی تخصیصی کاملاً خودکار (یعنی بدون مداخله انسانی) بر روی متن هایی طولانی که با محتوای موضوعی پیچیدهای سروکار دارند (مثلاً در پزشکی، شیمی یا فیزیک) قابل اجرا نیست، به ویژه وقتی به طور گسترده از واژگان کنترل شده استفاده میشود و برای کمک به نمایه سازان، طراحی سیستم های خبرهٔ پیشرفته ای را ضرورت می بخشد.

یک نمونهٔ مهم و چشمگیر مدایندکس" است که تهیه آن در کتابخانهٔ ملی پزشکی سالها به طول انجامیده است (هامفری، ۱۹۹۲). این سیستم سیستم خبرهای است که قاب مبنا است. بهره گیر که ضرورتا یک نمایه ساز ماهر نیست بلکه تاحدودی با متون پزشکی و اصطلاحات ان اشنایی دارد، به قاب های مرتبط (مثلاً أنواع بیماری، انواع درمان ها) راهنمایی شده و به او یادآوری می شود که باید عملاً این قابها را تکمیل نماید. سیستم می تواند به نمایه ساز یادآوری کند که اصطلاحی خاص را اختصاص دهد و اگر از یک اصطلاح به طور نامناسب استفاده شود می تواند خطای نمایه ساز را نیز اصلاح نماید.

مثلاً اگر نمایه ساز برای اشاره به یک بیماری (مثلاً نئوپلاسم استخوان) از اصطلاح نئوپلاسم (سرطان) استفاده کند، سیستم می تواند به او یاداوری کند که اصطلاح قرینهان، که جنبه بافت شناسی نئوپلاسم را ارائه میدهد (مثل اصطلاح التهاب بدخیم غدد استخوانی)، را نیز تخصیص دهد. یا می تواند به یک نمایه ساز که ترکیب نامناسبی از اصطلاحات، مثل نئوپلاسم استخوان و استخوان ران، را تخصیص داده است، اصطلاح صحیح (دراینجا نئوپلاسم استخوان ران) را اطلاع دهد. مدایندکس هنوز در مرحله آزمایشی قرار دارد و کاملاً ارزیابی نشده است.