بخشی از پاورپوینت
اسلاید 1 :
تعيين ساختار سه بعدي پروتئين بر اساس توالي اسيدهاي آمينه
اسلاید 2 :
فهرست
آشنايي با پروتئين و ساختارهاي آن
تعريف مساله
کارهاي انجام شده
کارهاي آينده
نتيجهگيري و زمانبندي
اسلاید 3 :
آشنايي با پروتئين و ساختارهاي آن
اسلاید 4 :
پروتئين
مصالح براي قسمتهاي مختلف بدن
پروتئين رشتهاي از اسيدهاي آمينه
ARNDBCEQZGHILKMFPSTWYV
توالي پروتئين
اسيد آمينه: ترکيبي با ساختار مشخص
20 اسيد آمينه
اسلاید 5 :
ساختار سه بعدي پروتئين
تا شدن در شرايط محيط
محورهای اسيدهای آمينه
ساختار سه بعدي، تعيين کنندهي کارکرد پروتئين
ساختار سه بعدي پروتئين يکتاست
انگيزه برای يافتن ساختار از توالي
اسلاید 6 :
چند مساله
پيدا کردن توالي با ساختار سه بعدي مشخص
طراحي دارو
ورودي: ساختار سه بعدي
خروجي: توالي از اسيدهاي آمينه
پيدا کردن ساختار سه بعدي بر اساس توالي
ورودي: توالي از اسيدهاي آمينه
خروجي: ساختار سه بعدي توالي
مسالهي اين مقاله
اطلاعات: پايگاه داده از پروتئين با ساختار شناخته شده
اسلاید 7 :
کارهاي انجام شده
روشهاي Ab Initio
بدون پيش فرض
روشهاي فيزيکي – شيميايي
بر اساس قوانين فيزيکي - شيميايي
روشهاي تجانسي
بر اساس ساختارهاي شناخته شده
روشهاي تشخيص ساختار سه بعدي
تعداد ساختارهاي سه بعدي محدود است
اسلاید 8 :
مساله: زيرتوالي با ساختار سه بعدي يکتا
انگيزه براي تجانس
توالي مشخص به ساختار سه بعدي ثابتي تا مي شود.
ساختار سه بعدي در مقابل جهش نسبتا ثابت است
زير توالي با ساختار سه بعدي يکتا
از بين پروتئينهاي با ساختار سه بعدي شناخته شده
تلاش براي باز سازي ساختار پروتئين بر اساس اين توالي ها
اسلاید 9 :
مساله: استخراج خواص جايگاهها در ساختار سه بعدي
تعداد ساختارهاي سه بعدي بسيار محدود است.
بررسي رشته با تمام ساختارهاي سه بعدي
يک روش: رشتهي ورودي به کدام دسته شبيهتر است؟
اسلاید 10 :
رشتهي ورودي به کدام دسته شبيهتر است؟
روشهاي موجود:
رشتهي ورودي به رشتههاي کدام دسته شبيهتر است؟
روش جديد:
سعي بر تطابق رشته با ساختارهاي سه بعدي
بهترين تطبيق به کدام ساختار؟
ملاک براي تطبيق؟
ARNDB
ARNDB
اسلاید 11 :
تطبيق رشته به ساختار
ملاک براي تطبيق: اطلاعات آماري اعضاي گروه
مثال:
تعداد اسيد آمينههاي A در مکان خاص
تعدا جفت اسيد آمينههاي A و V در جايگاههاي خاص
اطلاعات فيزيکي
ARNDB
ARNDB
اسلاید 12 :
مساله ساده شده و مساله اصلي
ساختار دستهها تقريبا يکي است
اعمال پر هزينه آمار براي جفت جايگاه
زنجيره جانبي
اسلاید 13 :
زمان بندي
پياده سازي مساله اول: 1 ماه
بررسي نتايج و مقايسه با روشهاي موجود: 1 ماه
پياده سازي مساله دوم : 2 ماه
بررسي نتايج و مقايسه با روشهاي موجود: 1 ماه
نوشتن پايان نامه: 3 ماه
