بخشی از پاورپوینت
اسلاید 1 :
پروتئوم و پروتئومیک
پروتئوم مجموعه پروتئین های بیان شده درون
یک موجود زنده درشرایط مختلف
پروتئومیک مطالعه پروتئوم
از تلفیق دوکلمه
اسلاید 2 :
دلایل تمرکز روی پروتئومیک
سطح بیان mR A اغلب بیان گر میزان پروتئین فعال در یک سلول نمی باشد.
توالی ژنی بیان گر تغییرات و اصلاحات پس از ترجمه ی پروتئین ها و فعالیت آنها نمی باشد.
مطالعه ی ژنوم مراحل دینامیک سلول را بیان نمی کند و با داشتن یک توالی ژنومی لزوماً نمی توان به فعال بودن یا نبودن پروتئین حاصل از آن پی برد.
اسلاید 3 :
پیچیدگی های موجود در پروتئومیک
محدود بودن منابع پروتئینی
تنوع زیاد گونه های پروتئینی
پیرایش رونوشت های ژنی
تغییرات شیمیایی پس از ترجمه
تفاوت در مقدار پروتئین ها
تفاوت محتوای پروتئومی از سلولی به سلول دیگر
اسلاید 4 :
تقسیم بندی پروتئومیک
پروتئومیک بیانی (Expressio al or A alytical Proteomics)
پروتئومیک نقشه فیزیکی (Fu ctio al or I teractio Proteomics)
پروتئومیک ساختاری (Structural Proteomics)
اسلاید 5 :
تکنیک های پروتئومیک
الکتروفورز دوبعدی (Two-Dime sio al gel Electrophoresis (2-DE))
طیف سنجی جرمی (Mass Spectrometry (MS))
تراشه های پروتئینی (Protoi chips)
انگشت نگاری جرمی پپتیدها (Peptide mass fi gerpri ti g)
اسلاید 6 :
(2-DE) الکتروفورز دوبعدی
ابداع در دهه 1970
جدا سازی وآشکار سازی چندین هزار پروتئین
دارای دوبعد بعد اول براساس نقطه ایزوالکتریک
بعد دوم براساس وزن مولکولی
مشاهده پروتئین ها بصورت لکه روی ژل
اسلاید 7 :
:بعد اول IsoElectric Focusi g (IEF)
تفکیک بر اساس نقطه ایزوالکتریک
ژل پلی آکریل آمید
مواد دیگر درون ژل : اوره، شوینده(ماده فعال سطحی)، احیا کننده، آمفولیت های حامل برای ایجاد شیب PH
اندازه ژل بطور معمول 20x20
اسلاید 8 :
:بعد اول Immobilized PH Gradia (IPG)
نوع دیگری از ژل های بعد اول
گروه عاملی گرادیان PH ثابت
فاقد آمفولیت حامل
مونومرهای آکریل آمید با استخلاف هایی از آکریل آمید
اسلاید 9 :
آماده سازی نمونه
انتقال کامل و بدون تغییر پروتئین ها روی ژل
جلوگیری از آلودگی نمونه ها با پروتئوم سلول های دیگر
دمای پایین برای جلوگیری از تغییر در پروتئین ها
خلوص مواد شیمیایی
نمونه به صورت مایع و واسرشت شده
از بین بردن پیوندهای غیر کووالان و دی سولفیدی
محلول سازی با اوره و شوینده های غیر یونی یا دوقطبی
حذف اسید های نوکلئیک توسط آنزیم ها
اسلاید 10 :
زمان مناسب برای IEF
زمان لازم برای رسیدن پروتئین ها به PI
به صورت تجربی
زمان کم عدم پخش لکه ها
زمان زیاد ایجاد تغییر در محل لکه ها
