بخشی از پاورپوینت
اسلاید 2 :
کاربرد بیوانفورماتیک در پروژه های ژنوم
اسلاید 3 :
بیوانفورماتیک علم نوینی است که در آن با استفاده ازکامپیوتر،نرم افزارهای کامپیوتری و بانکهای اطلاعاتی سعی می گردد تا به مسائل بیولوژیکی بخصوص در زمینه های سلولی و ملکولی پاسخ داده شود.
اسلاید 4 :
وظيفه اصلي بيوانفورماتيك، طراحي سيستم هاي كامپيوتري و مدل هاي رياضي براي نگهداري , مديريت و تحليل داده هاي بيولوژيكي است.
ابزارهاي بيوانفورماتيكي قادر خواهند بود كه با دانستن يك توالي ژني , نحوه بروز صفت در سلول زنده را توصيف كنند .
اسلاید 5 :
زمینه های مهم بیوانفورماتیـک:
تحلیل توالی های ژنوم
پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین
تحليل كاركردى در سطح ژنوم
ايجاد و مديريت پايگاه هاى داده اى
مدل سازى رياضى فرآيندهاى حيات
اسلاید 6 :
دو فعالیت برجسته ای که بیوانفورماتیک دانان به آن مشغول هستند:
ژنومیکس
پروتئومیکس
اسلاید 7 :
ژنوميكس چهره نوين ژنتيك:
مطالعه همه ژنهاي موجود در بدن يك ارگانيسم (ژنوم) و نيز تعامل اين ژنها با يكديگر و با محيط اطراف آن.
به عبارتي بیوانفورماتیک توالي،ساختار و عملكرد ژنوم را مطالعه مي كند.
اسلاید 8 :
بررسی های ژنومیکس شامل:
بررسی اعمال هر یک از ژنها به تنهایی
شيوه تنظيم فعاليت آنها
چگونگي تاثيرپذيري اين ژن ها از ژن هاي ديگرو محيط اطرافشان
اسلاید 9 :
مراحل بررسی ژنومیکس:
به كارگيري روش هاي سريع براي توالي يابي ژنها
به كارگيري اطلاعات (تفسير، دستكاري و آناليز اين اطلاعات )
تهيه عكس هاي فوري (به دليل آن كه در يك زمان خاص همه ژن هاي يك ارگانيسم فعال نيستند و رديابي عملكرد ژن ها در حالي كه فعال هستند ميسر است.)
اسلاید 10 :
توالی یابی ژنوم:
تعیین ترتیب نوکلئوئید موجود در رشته الگو را توالی یابی گویند.
اسلاید 11 :
چرا ژنوم را توالی یابی میکنیم؟
پیش بینی عملکرد مولکول
تهیه امکانات لازم جهت دستورزی مولکول
اسلاید 12 :
روشهای توالی یابی ژنوم:
روش ماکسام – گیلبرت
روش سانگر
روش اتوماتیک ( بر پایه روش سانگر )
تعیین توالی قطعات بزرگ
اسلاید 13 :
روش اتوماتیک بر پایه روش سانگر:
واسرشته سازی DNA
مرحله بعد مستلزم وجود 6 جز
مهم است:
DNA الگو
پرایمر
dNTPs
ddNTPs
آنزیم تک پلیمراز
بافر مناسب
اسلاید 14 :
تحلیل توالی ژنوم :
اسلاید 15 :
از نكات مهم بررسي هاي آزمايشگاهي در حوزه ژنوميكس استفاده از گونه هاي مدل است .
ژن هاي منفرد و محل آنها در طول كروموزومها ممكن است در گونه هاي مختلف تشابه زيادي داشته باشند؛ بنابراين مطالعات ژنوميكس در تعدادي گونه مدل ، اطلاعاتي فراهم مي كندكه براي ديگر گونه ها نيز قابل استفاده است.
اسلاید 16 :
ژنوم ارگانیسم های مدل:
یکی از هدفهاى پروژه ژنوم، تعیین توالی ژنوم و شناسایی ژنهای ارگانیسمهای مدل است.ارگانیسمهای مدل در انجام بسیاری از پژوهشهاى ژنتیکی بکار میروند . با مشخص بودن ژنوم این جانداران انجام این تحقیقات با دقت و سهولت بیشتری انجام خواهد شد.
اسلاید 17 :
Arabidopsis
به عنوان گیاهی که برای اولین بار تعیین توالی شده است.
جاندارانی که به عنوان مدل استفاده میشوند :
اسلاید 18 :
E.coli
بهعنوان نماینده پروکاریوت ها
اسلاید 19 :
Saccharomayces cerevisiae
بسیاری از ژنهای مخمر با ژنهای انسان اورتولوژی دارد و برای بررسی عملکرد این ژنها اغلب از مخمر که از نظر آزمایشگاهی کار با آن سادهتر است استفاده میشود.
اسلاید 20 :
C. elegans
یک جاندار پر سلولی ساده است برای تحقیق درمورد تنظیم بیان ژنها در تمایز سلولی وفرایند پیری به کار میرود.
