بخشی از مقاله
مقدمه
تعریف LAMP (Loop-mediated isothermal AMPlification) تکثیر همدما به واسطه حلقه
یک روشنسبتاً جدید برای تکثیرDNA با اختصاصیت، حساسیت و سرعت بالا میباشد که در شرایط همدما انجام میگیرد.
دراین روش از آنزیم Bst DNA Polymerase استفاده میشود. کهمعمولاً این آنزیم از باسیلوس استرئوترموفیلوس Bacillus stearothermophilus استخراج میشود؛ این آنزیم دارای خاصیت strand displacement میباشد و در شرایط همدما منجر به تکثیر DNA هدف میشود. در این روش 6-4 پرایمر طراحی میشود که به طور اختصاصی قادر به تشخیص 6 تا 8 ناحیه روی DNA هدف میباشد و این موضوع باعث اختصاصیت بسیار بالای این روش شده است.
تاریخچه:
روش LAMP اولین بار در سال 2000 توسط نوتومی و همکارانش به عنوان یک روش جایگزین برای PCR و دیگر روشهای ملکولی گزارش شد. روش LAMP تا سال 2008 مورد استقبال قرار نگرفت. اما از سال 2008 به بعد به طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفت. به طوری که تا سال 2012 در حدود بیش از 750 مقاله زمینههای مختلف بالینی، کشاورزی، بهداشت و غیره منتشر شد.
مواد و روشها: مزیتهای روش :LAMP
-1 سادگی و ارزان قیمت بودن:
الف) شرایط انجام واکنش به صورت همدما میباشد و نیاز به دستگاه ترموسایکلر ندارد. ب) همه معرفهای مورد نیاز برای تشخیص تقریباً ارزان قیمت است.
ج) آزمایشات در مراحل بعدی احتیاج به دستکاری بیش از حد ندارد.
-2 اختصاصیت بالا: از آنجایی که تعداد پرایمر ها زیاد است اختصاصیت نسبت به PCR بیشتر است. واکنش LAMP کمتر مستعد تداخلات بوده و تقریباً در حدود %100 اختصاصی عمل میکند.
-3 حساسیتنسبتاً بالا: گزارشات نشان میدهد حساسیت روش LAMP حدود 10 برابر بیشتر از حساسیت PCR است.
استفاده مستقیم از نمونه: جایی که عامل مورد نظر ایجاد عفونت کرده است مانند خون، سرم، ادرار و غیره در روش PCR و دیگر روشهای ملکولی نیاز به شرایط ایزوله از اسیدهای نوکلئیک میباشد. اما در طول LAMP این امکان وجود دارد که نمونه مستقیماً از غذا، ادرار، خون، سرم و غیره برداشته شود.
کاربرد روش :LAMP
-1 کاربرد در تشخیص میکروارگانیسمهای بیماری زا:
تشخیص باکتریهای پاتوژن: روشهای مختلف زیادی وجود دارد که قادر به تشخیص و شناسایی باکتریها میباشد. اما این روشها مشکلاتی دارند؛ از جمله آنها جواب مثبت کاذب و یا تشکیل پرایمر-دایمر میباشد.
2
RT-LAMP
روش LAMP به عنوان یک روش برای تشخیص انواع میکروارگانیسمها به کار میرود. این روش ساده، با اختصاصیت بالا، سریع و مقرون به صرفه میباشد. با توجه به ایجاد شرایط با نفوذ پذیری کم، درجه حرارت پایین، همدما بودن این روش سبب شده که آسیب وارد شده بر باکتری، نسبت به PCR کمتر شود.
تا کنون از این روش برای تشخیص بسیاری از باکتریها اعم از باکتریهای گرم مثبت (مانند Staphylococcus aureus، Listeria
monocytogenes،Bacillus cereus، Clostridium botulinum and C. perfringens و (Alicyclobacillus acidoterrestris و
باکتریهای گرم منفی (مانند Escherichia coli، Salmonella و انواع (Vibrio استفاده شده است.
