بخشی از مقاله
چکیده
به منظور مطالعه فیلوژنتیکی میگوهای خانواده Penaeidae سواحل بحرکان، از روش تعیین توالی ژن 16S rRNA استفاده شد. استخراج DNA از عضله پای شنا میگوها با روش CTAB انجام شد. قطعه ژنی 16SrRNA با استفاده از آغازگرهای جهانی 16Sar/16Sbr تکثیر گردید. گرچه بعد از نمونه برداری میگوی Metapenaeus sp. به عنوان گونه M. affinis، شناسایی و جداسازی شد ولی Blast نتایج حاصل از تعیین توالی ژن 16S rRNA نشان داد که توالی مورد نظر به طور کامل با ژن 16S rRNA، گونه M. monoceros منطبق میباشد. همچنین آنالیزهای بیشتر با استفاده از نرمافزار MEGA Ver. 5 نتیجه به دست آمده را تایید کرد. نتایج حاصل از هم ردیفی توالیهای M. monoceros با استفاده از نرمافزار Clustal W نشان دهنده 17مکان پلی مورفیسم بود که از این تعداد 10 مکان پارسیمونی تشخیص داده شدند. نتایج هم ردیفی توالی 16S rRNA گونه P. stylifera، 14 مکان پلی مورف و 4 مکان پارسیمونی را نشان داد. نتایج حاصل از نرمافزار Arlequin Ver 3 تنوع هاپلوتیپی را برابر 1 نشان داد. این توالی ها غنی از تیمین و آدنین 64/2) درصد) بودند. میزان شاخص R، 1/418 و میانگین واگرایی این دو گونه از هم 10/9 درصد محاسبه شد. بر اساس نرخ موتاسیون دو درصد به ازای هر میلیون سال برای mtDNA، زمان اشتقاق این دو گونه از هم پنج میلیون و چهارصد و پنجاه هزار سال پیش تخمین زده شد.
کلید واژه: خلیج فارس، فیلوژنتیک، پنائیده، تعیین توالی، 16S rRNA
مقدمه
خلیج فارس علاوه بر داشتن اهمیت سیاسی، نفت و حمل و نقل، دارای آبزیان و ذخایر شیلاتی مهمی است. همراه با پیشرفت تکنولوژی و افزایش سطح آگاهی افراد جامعه نسبت به فواید مصرف آبزیان، تقاضای مصرف انواع آبزیان و بهرهبرداری از دریاها افزایش یافته است که باعث افزایش فشار بر ذخایر آبزیان شده است که در بسیاری موارد با صید بی رویهای مواجه شدهاند. تقریبا" اکثر گونههای کفزی یا کلا" بهرهبرداری شدهاند و یا به طور بی رویهای صید شدهاند و سخت پوستانی مانند میگو بیش از حد مورد بهرهبرداری قرار گرفتهاند .(3)
میگوهای Penaeidae شامل مهمترین بخش صید جهانی و آبزیپروری است ( (12 که به عنوان غذای دریایی در سطح جهان استفاده میشود و اساسی برای صنعت بزرگ آبزیپروری فراهم میکند .(7) توالی ژنوم میتوکندریایی به شدت برای توضیح ارتباطات فیلوژنتیکی در میان بسیاری گروههای سخت پوستان مفید است .(5) مخصوصا" ژنهای زیر واحد بزرگ RNA
867
اولین همایش ملی توسعه پایدار دریا محور
دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، 8-9 بهمن 1393
ریبوزومی میتوکندری (16S rRNA) و زیر واحد ɪ سیتوکروم c اکسیداز (COI) در تجزیه و تحلیلهای فیلوژنی سخت پوستان در سطح گونهها کمک میکند 3)، 6 و.(9
mtDNA به دلیل چندین ویژگی انتخاب موفقی به عنوان نشانگر خواهد بود مانند انتقال مادری محض و بالاترین نرخ جهش (در مقایسه با DNA هستهای) و از دیگر مزایای آن، خصوصیت وراثت غیر جنسی و فقدان نوترکیبی هست. برخلاف آن نوترکیبی mtDNA یک قاعده در بیشتر گیاهان، قارچها و گونههای آغازیان است .(8) مقایسه مولکولی سه گونه از مهم ترین گونههای میگوی خلیج فارس P.indicus, P.merguensis, P.semiculcatus توسط بابایی در سال 1380 با استفاده از روش RFLP، بر روی ژن mtDNA انجام گردید. نتایج حاصل از این بررسی نشان دهنده متفاوت بودن پراکنش هاپلوتیپ ها در دو منطقه و تفاوت ذخایر این جمعیتها میباشد. محمدی در سال 1381 با استفاده از مطالعات ریختی( مورفومتریک و مریستیک) و مولکولی به روش PCR-RFLP ساختار جمعیت شاه میگوی دریای عمان Panilarus homarus در سواحل استان سیستان و بلوچستان را مورد بررسی قرار داد. مطالعات مولکولی ناهمگنی ژنتیکی را بین مناطق مختلف نمونه برداری نشان نداد.
شجاعی در سال 1382 به برسی مولکولی گونه Metapenaeus affinis با استفاده از mtDNA به روش RFLP در سه منطقه هرمزگان - بوشهر- خوزستان پرداخت ولی اختلافات ژنتیکی بین مناطق مشاهده ننمود و پیشنهاد نمود از روشهای مولکولی دیگر مانند Microsatallite یا RAPD در تحقیقات بعدی استفاده گردد.
مواد و روشها
نمونه برداری از سواحل بحرکان انجام شد. سواحل بحرکان در شمال غربی خلیج فارس، با موقعیت جغرافیایی 24ʹ ، 49درجه طول شرقی و 5ʹ ، 30 درجه عرض شمالی ، در 40 کیلومتری شمال غربی گناوه و در 28 کیلومتری بندر دیلم در مجاورت شهر هندیجان واقع شده است. صید میگو با استفاده از تور ترال کف روب انجام شد. نمونههای میگو بعد از صید سریعا" شناسایی و جداسازی شدند و در اتانول 96 درصد فیکس شدند و به آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر انتقال داده شدند.
تعداد 5 نمونه از محصولات PCR میگوی Metapenaeus affinis و 7 نمونه از محصولات PCR میگوی Parapenaeopsis stylifera ،در میکروتیوپ های 1/5 ml، که درب آنها به منظور جلوگیری از تبخیر شدن با پارافیلم پوشیده شده بود برای تعیین توالی خودکار به شرکت تکاپو زیست فرستاده شد. محتویات هر میکروتیوپ شامل 40 میکرو لیتر از محصول PCR بود. همچنین آغازگرهای جلودار و برگشتی هم برای این منظور به شرکت نامبرده فرستاده شدند.
