بخشی از مقاله
چکیده
ویروس ویروس کوتولگی گندWheat dwarf virus متعلق به جنس Mastervirus و خانواده Geminiviridae می باشد که گیاهان تک لپه را مورد حمله قرار می دهد. ژنوم این ویروس DNA تک رشته به طول 2749نوکلئوتید و دارای 4 قاب خواندنی باز ORF شامل C1,C2,V1,V2 است. ORF V2پروتئین پوششی CP را کد می کند. پروتئین پوششی در این ویروس علاوه بر وظیفه ای که در پوشش ژنوم دارد، در اختصاصی بودن ناقل چشره ای نیز نقش دارد. در حال حاضر ساختار کریستال از CP ویروسی در بانک داده پروتئین (PDB) وجود ندارد، در این مطالعه برای ایجاد مدل 3بعدی از ساختار این پروتئین از روش مدل سازی بر اساس توالی های همولوگ استفاده شد. از اینرو برای به دست آوردن ساختار عملکردی پروتئین مذکور و یافتن پروتئین های الگو از ابزار بیوانفورماتیکی و داده های پایگاه های NCBI,SWISS PDB Viewer,I-TASSER استفاده شد. و ساختار کریستالی با کد 1D9S به عنوان الگو برای مدل کردن ساختار 3بعدی از پروتئین به کمک بسته نرم افزاری I-TASSER مورد استفاده قرار گرفت. بهترین مدل انتخاب و به کمک منحنی راماچاندران ارزش گذاری شد. نتایج ارزش گذاری نشان می دهد که به کمک همولوژی یک مدل با کیفیت عالی برای پروتئین CPبه دست آمد. مطالعه ساختار پروتئین می تواند به درک عملکرد پروتئین کمک کند و بررسی جزئیات ساختار آن امید تازه ای در درمان بیماری های ویروسی با رویکرد پروتئین درمانی فراهم آورد. همچنین پیرایش متناوب بعنوان یکی از مهمترین منابع تنوع در سطح پروتئوم، می تواند عامل ایجاد بیماری یا ارائه دهنده راهکاری در جهت درمان بیماری های مختلف باشد. مطالعات گسترده در جهت بررسی سیستم بیولوژی پروتئین های حاصله، می تواند راهکاری در جهت تعیین فعالیت واقعی آنها و امیدهایی در جهت کاربرد آنها با اهداف مختلف درمانی باشد.
کلمات کلیدی: مدل سازی بر اساس توالی همولوگ، ویروس کوتولگی گندم، پروتئین پوششی.
]
مقدمه
ویروس ویروس کوتولگی گندWheat dwarf virus متعلق به جنس Mastervirus و خانواده Geminiviridae می باشد که گیاهان تک لپه را مورد حمله قرار می دهد(رفرنس). ژنوم این ویروس DNA تک رشته به طول 2749نوکلئوتید و دارای 4قاب خواندنی باز ORF شامل C1,C2,V1,V2 است(ORF .(schalk et al., 1989 V2پروتئین پوششی را کد می کند. پروتئین پوششی در این ویروس علاوه بر وظیفه ای که در پوشش ژنوم دارد، در اختصاصی بودن ناقل چشره ای نیز نقش دارد(.(koklu et al.,2002 در این مطالعه به بررسی ساختار این پروتئین پرداختیم. مطالعه ساختار پروتئین می تواند به درک عملکرد پروتئین کمک کند و بررسی جزئیات ساختار آن امید تازه ای در درمان بیماری های ویروسی با رویکرد پروتئین درمانی فراهم آورد.
مواد و روشها
توالی مورد نظر را از سایت(ncbi( http://www.ncbi.nlm.nih.gov دریافت کرده، به این صورت که در قسمت جستجوی پروتئین این سایت پروتئین CP برای ویروس موردنظر جستجو شد و توالی های مورد نظر یافت شد
