بخشی از مقاله
چکیده
در این مقاله باکتريهاي موجود در غذاي ماهی تهیه شده از فروشگاههاي سطح کرمانشاه بررسی گردید . براي انجام این کار نمونههاي غذا از فروشگاههاي غذاي ماهی تهیه و به آزمایشگاه منتقل گردید. پس از کشت نمونه و تهیه تک سویه، DNA استخراج و توسط پرایمرهاي مناسب تکثیر شد . براي این شناسایی باکتريها از مارکر مولکولی 16srRNA شناسایی شدند. قطعات تکثیر شده براي تعیین توالی به کشور مالزي فرستاده شد. بر اساس توالیهاي حاصل و بررسی آنها 3 گونه باکتري شناسایی شد. در بین این باکتريها باکتري نانوسیستیس اکسدنس داراي دو سویه B3 و B12 می-باشد. بر اساس این مقاله براي اولین بار این باکتريها در غذاي ماهی تهیه شده از شهر کرمانشاه گزارش میشود.
واژگان کلیدي: غذاي ماهی، باکتري، شناسایی مولکولی
-1 مقدمه
مواد غذایی میزبان انواعی از میکروبها هستند. انواع مختلف مواد غذایی مکانی مناسب براي رشد میکروبها هستند - رحیمیفرد و همکاران 1386؛ Beutin et al. 2008؛ . - Tabana and Halkmanb 2011 این میکروبها ممکن است براي مصرف کننده مضر باشند. برخی از آنها با ترشح سموم منجر به بروز بیماري میشوند . - Beutin et al. 2008 - مواد غذایی میتوانند میکروبهاي مختلفی را با خود حمل کرده و به مصرفکننده منتقل کنند. نه تنها انسان بلکه سایر موجودات نیز ممکن است تحت تأثیر میکروبها قرار گیرند. غذاي ماهیان نیز از این قانون مستثنی نبوده و برخی از میکروبها را با خود حمل میکند. در صورت وجود عوامل بیماريزاي خطرناك ماهیان مصرفکننده غذا ممکن است بیمار شده و در نتیجه منجر به زیان گردد.
انواع مختلفی از باکتريها در طبیعت وجود دارد که داراي ویژگیهاي ساختاري و فیزیولوژي مختلفی هستند. آنها بر اساس این ویژگیها شناسایی و طبقهبندي میشوند.امروزه استفاده از توالی ژن RNA ریبوزومی 16s که مرتبط با زیرواحد کوچک ریبوزومی است، براي شناسایی باکتريها بسیار توسعه یافته است. با استفاده از این توالیها در نمونههاي باکتري و مقایسه آنها با بانک اطلاعاتی 1 به راحتی میتوان گونه باکتري را شناسایی کرد . - Yarza et al. 2014 - لازم به ذکر است که براي انجام اینکار توالی باید در بانک اطلاعاتی وجود داشته باشد.در مواد غذایی باکتريها مهمترین میکروبها میباشند.
اکثر باکتريهاي موجود در غذا بیماريزا نیستند اما، برخی از آنها با ترشح سموم مختلف منجر به مسمومیت در مصرفکننده میشود . - Beutin et al. 2008 - در غذاي انسان و حیوانات برخی از باکتريها میتوانند به عنوان پروبایوتیک عمل کنند Granato et al. 2010 - ؛ . - Gaggia et al. 2010 بررسی غذاي جانداران مختلف به منظور شناسایی میکروبهاي موجود در آن میتواند کمک قابل توجهی به پیشگیري از بروز برخی بیماريها کند. همچنین، میتوان حضور باکتريهایی با قابلیت پروبایوتیک را شناسایی کرد.این مطالعه به منظور شناسایی انواع باکتريهاي موجود در غذاي ماهی تهیه شده از فروشگاههاي مختلف شهر کرمانشاه صورت گرفت. با مطالعه توالی 16s rRNA مشخص شد که سه گونه باکتري باسیلوس سابتیلیس2، نانوسیسدیس اکسدنس3 و پزودوموناس پوتیدا4 در غذاي ماهی حضور دارند.
-2 مواد و روش کار
این پروژه به صورت تحقیق انجام شد. در این تحقیق 12 نمونه بررسی شد. نمونهها پس از خریداري از فروشگاها به آزمایشگاه منتقل شد و 1 گرم از نمونهها با 1000 میلی لیتر آب مقطر استریل مخلوط گردید و 1 میلی لیتر از محلول حاصل به صورت خطی روي محیط کشت نوترینت آگار - NA - کشت داده شد و در اینکوباتور در دماي 37 درجه نگهداري شد. پس از 48 ساعت عمل خالصسازي با استفاده از روش خطی صورت گرفت. در مجموع چهار جدایه جداسازي شد. کشت فعالی از همه سویههاي خالصسازي شده جهت مطالعات مولکولی تهیه گردید. پس از کشت باکتريها و تهیه تک سویه، DNA براي انجام فرایند PCR توسط روش CTAB استخراج گردید. براي تکثیر ژن 16srRNA از دو پرایمر DG74 - 3'-به طول 370 جفت باز استفاده شد.
مخلوط واکنش PCR در هر 25 میکرولیتر شامل: 2 میکرولیتر 10 - میکرومولار - از هر کدام از پرایمرها، 2/5 میکرولیتر بافر X١٠PCR، 0/5 میکرولیتر 10 - میلی مولار - dNTPs، 0/7 میکرولیتر 50 - میلی مولار - کلرید منیزیم، 2 میکرولیتر DNA الگو، 0/25 میکرولیتر 0/25 - واحد - Taq DNA pol و 17/05 میکرولیتر آب مقطر دوبار تقطیر استریل بود. PCR به وسیله دستگاه ترموسایکلر ایندورف انجام گرفت که برنامه شامل واسرشت شدن اولیه در دماي 95 درجه سانتیگراد به مدت 5 دقیقه و به دنبال آن 30 دور با 94 درجه سانتیگراد به مدت 45 ثانیه، 58 درجه به مدت 30 ثانیه، 72 درجه به مدت 45 ثانیه و یک مرحله نهایی سنتز در دماي 72 درجه سانتی گراد به مدت 5 دقیقه بود. نمونهها DNA براي تعیین توالی به کشور مالزي فرستاده شد. توالیها با بانک ژن مقایسه شد . - Lin et al. 2007 -
-3 نتیجه گیري
مقایسه توالی سویههاي باکتري جداسازي با بانک ژنی NCBI نشان داد که همه جدایهها متعلق به 3 گونه شامل گونه-هاي باسیلوس سابتیلیس، نانوسیسدیس اکسدنس و پزودوموناس پوتیدا بودند - جدول . - 1گونه باسیلوس سابتیلیس به عنوان یک پروبایوتیک در غذاي آبزیان مورد مطالعه قرار گرفته است Olmos and Paniagua- - . - Michel 2014 همچنین، گونه پزودوموناس پوتیدا به عنوان یکی از عوامل بیماريزاي ماهیان مشخص شده است - Altinok et al. . - 2006 در ارتباط با اثرات باکتري نانوسیسدیس اکسدنس بر ماهیان اطلاعاتی موجود نیست. در این مقاله براي نخستین بار 3 گونه باکتري از غذاي ماهی تهیه شده از فروشگاههاي شهر کرمانشاه جداسازي و بر اساس روشهاي مولکولی شناسایی گردید. در این مطالعه دو گونه باسیلوس سابتیلیس و پزودوموناس پوتیدا که به ترتیب براي ماهیان به عنوان پروبایوتیک و بیماريزا هستند در غذاي ماهیان یافت شد. این گزارش براي نخستین بار وجود این باکتريها را در غذاي ماهی شهر کرمانشاه مشخص کرد.
تشکر و قدردانی
در اینجا از دانشگاه رازي براي تهیه مواد و تجهیزات مورد نیاز براي انجام کار سپاسگذاري مینماییم.
