بخشی از مقاله
بررسي نقش ژن SRC در سرطان دهان
چکيده
سرطان دهان که بطور فزاينده در سطح جهان در حال گسترش است ششمين بدخيمي رايج در انسان مي باشد. سالنه برآورده شده که حدود ٠٦٦٦٦٦ نفر به اين بيماري دچار مي شوند که ٠٦-٠٦% بيماران با کارسينوماي سلول هاي سنگفرشي دهان - با ٠ سال بقا دچار مي شوند. عليرغم جراحي و شيمي درماني مدت بقا اين بيماران در طول دهه گذشته تغييري نکرده است.)٢٦١٢ ,.Guida et al( اين در درجه اول به خاطر پيش بيني باليني ضعيف بيماران با متاستاز گره هاي لنفاوي مي - باشد.درک عميقي از پايه هاي مولکولي رفتار بدخيمي بالي سرطان دهان همراه با طبقه بندي بيماران لزم مي باشد. ناهمگ -
-وني سلولي و مولکولي و تعداد زيادي از ژن در بروز سرطان دهان درگير نشان مي دهد که پروتئين هاي متعدد بايد به عنوان يک استراتژي موثر براي تشخيص و درمان هدف قرار گيرند.بنابراين پيدا کردن روش مناسب تجزيه وتحليل سلولهاي سرطاني دهان براي تعيين سطح بيان ژن هاي مي تواند مفيد باشد. بوسيله استخراج داده ها از پايگاه داده اي
Gene Cards و استفاده از GeneTrail٢ براي بررسي سطح بيان ژنها در سرطان دهان و ارتباط آن ژنها با مسيرهاي
Phosphosite-Diseases وميزان پاسخ دهي به داروها مي تواند ما را به سمت تشخيص و درمان نزديک کند. ) Keller et
)al., 2668پايگاه اطلعاتي ترانسکريپتوميکس اطلعات بسيار غني از عوامل رونويسي در طيف وسيعي از موجودات و همچنين مسيرهاي Phosphosite-Diseases براي تجزيه و تحليل ژنهاي مشترک دخيل در برخي بيماريها که در اين مطالعه از مسير Phosphosite-Disease استفاده شده مي باشد.
SRCژن داراي کد کننده پروتئيني بنام تيروزين کينازي غير گيرنده مي باشد که نقش بسيار مهمي در سيگنالينگ سلولي ,اتصال سلولي, رشد, حرکت و تمايز دارد عمدتا در سلول غير فعال مي باشد زماني که تعادل بين فسفريلسيون و دفسفريلسيون بهم مي خورد فعال مي شود .اين تغيير در فعاليت مي تواند در انواع سرطانها مرتبط باشد از جمله سرطان روده بزرگ و سرطان سينه و مخصوصا دهان)٢٦٦٧ ,Gallick &Johnson ( واژگان کليدي:نرم افزار ,GeneTrail٢سرطان دهان , ژن SRC
مقدمه
سرطان سلولهاي سنگفرشي دهان ششمين تومور بدخيم شايع مي باشد. سرطان دهان داراي پيش آگهي ضعيفي مي باشد با
٠سال بقا براي ٠٨%بيماران تخمين زده مي شود.مهمترين عوامل موثر بطور مستقيم در سرطان دهان تشخيص اوليه وحضور غدد لنفاوي در محل تومور اوليه مي باشد.يکي از روشهاي مورد استفاده اخير در تشخيص زود هنگام و درمان در بسياري از سرطانها استفاده از سطح بيان ژنها مي باشد. .)٢٦١٢ ,.Guida et al( با استفاده از پايگاه داده اي GeneCardژنهاي دخيل در سرطان دهان بدست امد و با کمک GeneTrail٢مکانيسمهاي دخيل و ژنهاي مشترک دخيل در سرطانهاي بافتهاي ديگر را بدست آورد.GeneTrail٢ يک مجموعه ابزار تجزيه وتحليل جامع و کارآمد ژني مي باشد که قابليت غني و آسان براي استفاده مي باشد . اين برنامه تحت وب ارزيابي آماري از مجموعه داده هاي ژنوميکي و پروتئوميکي را با توجه به غني سازي دسته هاي عملکردي تسهيل مي کند)٢٦٦٨ ,.Keller et al(GeneTrail٢ طيف گسترده اي ازدسته هاي بيولوژيکي و مسيرها ,در ميان ديگر KEGG,TRANSPATH,TRANSFACو GOسرور اينترنتي ما دو روش آماري مشترک را فراهم مي کند آناليز نمايش بال مقايسه يک مجموعه از ژنهاي مرجع با مجموعه آزمون و آناليز مجموعه زن غني سازي شده( GSEA (ليستي از ژنهاي طبقه بندي شده را ثبت مي کند . علوه بر ويژگيهايي که به تازگي توسعه يافته مدل آماري GeneTrail٢ شامل يک الگوريتم برنامه نويسي پويا که باعث بهبود محاسبات P-Value از روش آناليز غني سازي مجموعه ژن) GSEA( مي شود.)٢٦٦٨ ,.Keller et al( SRC يک ژن کد کننده پروتئيني تيروزين کينازي غير گيرنده که نقش بسيار مهمي در سيگنالينگ سلولي و داراي عملکرد از جمله اتصال سلولي, رشد, حرکت و تمايز مي باشد. بطور گسترده اي در بسياري از انواع سلولها بيان مي شود به نظر مي رسد که محل جايگاه سلولي مکانهاي مختلف در يک سلول باشد SRC مرتبط در غشاي پلسمايي مي تواند با غشاي سلولي غشاي دور هسته و غشاي اندوزوزومي تاثير بگذارد.از طريق گيرنده هاي فاکتور رشد بر رشد و تکثير سلولها تاثير مي گذارد.تعامل به تنظيم بيان ژن Sam٠٨ در استئوکلسيت استخوان مي کند)٢٦٦٧ ,Gallick &Johnson (
مواد و روشها ديتا بيس
به کمک تکنيک توالي يابي RNAو با کمک ديتا بيس GeneCard ژنهاي سرطان دهان بدست امد و با کمک ديتا بيس ترنسکريپتوميکس ارتباط پروتئينها با ژنهاي کد کننده اش ومسيرهايPhosphosite-Diseases سرطانهاي بافتهاي ديگر بدست امد.
تحليل آماري
براي مشخص کردن فاکتورهاي رونويسي غني مرتبط با بيان ژن در سلولهاي سرطان دهان از ديتا بيس GeneTrail٢استفاده شد
در الگوريتم HQHrDLO٧٢*بوسيله پايگاه داده اي WrDQVIDFارتباط (٧معني دار با ژنهاي غني کمپلکسهاي (٧و خانواده (٧تعيين شد. براي پيدا کردن ارتباط برخي بيماريها با ژن مشترک از ديتا بيس ترنسکريپتوميکس در الگوريتم HQHrDLO
٧٢* استفاده شد. الگوريتم HQHrDLO٧٢* همچنين ارتباط پروتئينها و ژنها را با ميکرو$٥١ها مشخص مي کند.
تجزيه وتحليل شبکه اي
براي تجزيه و تحليل بيشتر درباره پروتئينهاي کد شونده اين ژنها از اناليز شبکه اي استفاده شده که اهميت پروتئينها را براي تجزيه و تحليل ساختار و عملکرد آشکار مي سازد. با کمک پايگاه LDJrDP'HQH OLVW YHQQ * و تجزيه و تحليل ژنهاي مشترک در اين بيماريها مشخص شد.
نتيجه
درمسير داده اي Phosphosite-Disease ارتباط ژنهاي استخراج شده از GeneCard را با سرطانهاي کولورکتال ,سرطان پروستات ,کارسينوما کلنگيوسلولر نشان داده شد. ٣ تا از اين رقمهاي معني دار از مسير Phosphosite-Disease شامل سرطان کولورکتال ,سرطان پروستات , کارسينوما کلنگيوسلولر تجزيه و تحليل شد.ارتباط ژنهاي مشترک دخيل در اين مسير- ها مي تواند به يک نتيجه مفيد براي تشخيص و درمان منجر شود.
ژنهاي سلولهاي سرط اني در ديتا بيس ترنسکريپتوم با توجه به بالاترين نرخ ارتباط با ژنهاي سرط ان دهان در جدول ١ تعيين شده است .تجزيه و تحليل آماري بر روي ژنها در سلولهاي سرط ان دهان بوسيله HQHrDLO٧٢*و با کمک ديتا بيس ترنسکريپتوميکس و مسير LVHDVHV' KRVSKRVLWH٣ داراي ٢٠ تا از ٦٠ رقم معني دار مي باشد که در جدول ٢ آمده است .
جدول ١:ژنهاي دخيل در سه تا سرط ان با بالاترين نرخ ارتباط با سرط ان دهان
