بخشی از مقاله
چکیده
به منظور بررسی کروماتین ژنوم گونه وحشی علف شور ساحل در لاینهاي بین گونه گندم دوروم - Triticum durum - و گونه علف شور ساحل - Thinopyrum bessarabicum - از پرایمرهاي تصادفی و نیمه تصادفی استفاده شد. براي شناسایی توالی هاي DNA مشترك بین علف شور ساحل و آمفی پلوئید مصنوعی تریتی پایرم، DNA ژنومی 7 لاین اولیه تریتی پایرم ، گونه دیپلوئید وحشی علف شور، رقم چینی بهاره، 4 رقم گندم تتراپلوئید و هگزاپلوئید و 5 لاین امید بخش تریتیکاله با استفاده از پرایمر هاي مذکور تکثیر شد.
دو پرایمر تصادفی OPM-06 و OPF-03 نوارهایی را در لاین هاي اولیه تریتی پایرم و گونه علف شور ساحل تولید نمودند که در رقم چینی بهاره و سایر ارقام گندم و تریتیکاله تکثیر نشده بود. بنابراین می توان از این نوارها به عنوان مارکرهاي موثر براي شناسایی کروموزوم هاي ژنوم Eb در نتاج لاینهاي اولیه و ژنوتیپهاي ثانویه حاصل از تلاقی لاینهاي اولیه با ارقام گندم نان در جهت اصلاح تریتی پایرم اولیه استفاده نمود. همچنین پرایمر نیمه تصادفی ET34 توانست نواري را در لاین هاي امید بخش تریتیکاله و علف شور ساحل تولید کند، که در رقم چینی بهاره و سایر ارقام گندم و لاین هاي آمفی پلوئید مصنوعی تریتی پایرم تکثیر نشده بود.
مقدمه
تعدادي از گونه هاي وحشی تیره گندمیان1 داراي خزانه ژنی با ارزشی از نظر مقاومت به بیماریها، خشکی و شوري می باشند که می توانند براي بهبود ارقام زراعی گندم به کار روند
تریتی پایرم، یک آمفی پلوئید مصنوعی است که به منظور انتقال ژنهاي مقاومت به شوري از دورگ گیري بین گونه وحشی دیپلوئید، علف شور ساحل از جنس تینوپایرم - EbEb - 2 و گونه گندم تتراپلوئید - AABB - 3 به دست آمده است
در گیاهان، مارکرهاي مولکولی مانند RFLP ,SSR ,RAPD و AFLP براي سازماندهی ژنوم، درك بهتر تغییرات تکاملی و فیلوژنی و براي شناسایی کروموزوم غیر اصلی به منظور بهبود انتخاب در برنامه هاي اصلاحی به کار می روند
روشهاي بیوشیمیایی و سیتوژنتیکی، امروزه اصلاح گران گندم را قادر ساخته است تا لاین هاي محتوي کروموزوم هاي وحشی را گزینش کنند. اگرچه این روشها به دلیل اینکه زمان و هزینه مصرفی آنها بالا می باشد، براي برنامه هاي اصلاحی که نیاز به گزینش سریع تعداد زیادي ژنوتیپ می باشد، مفید به نظر نمی رسد
مارکرهاي مولکولی مبتنی بر PCR مانند RAPD به منظور گزینش لاین هاي گندم محتوي کروموزومهاي ژنوم چاودار، به کار رفته و از 260 پرایمر تصادفی آزمون شده، دو پرایمر مخصوص ژنوم چاودار شناسایی شد. این دو پرایمر یک نوار مخصوص در تمام DNA گیاهان محتوي کروماتین چاودار تکثیر، و در ارقام و لاین هاي فاقد کروموزوم یا کروموزوم هاي ژنوم چاودار تکثیر نشدند
وانگ و همکاران - 2003 - مارکرهاي RAPD و AFLP را به منظور شناسایی کروموزوم هاي ژنوم Eb در ژنوم گندم به کار بردند. پرایمر OPF-03 در DNA تمام گیاهانی که محتوي کوموزوم هاي ژنوم Eb بودند، یک قطعه با اندازه 1296 جفت باز تولید کرد که در سایر لاینهاي گندم فاقد کروموزوم هاي ژنوم Eb این قطعه تکثیر نشد
هدف از این تحقیق شناسایی مارکرهاي تصادفی و نیمه تصادفی مربوط به کروموزوم هاي ژنوم Eb در ژنوم گندم و لاین هاي اولیه آمفی پلوئید مصنوعی تریتی پایرم می باشد. زیرا با شناسایی این مارکرها امکان گزینش سریع در ارقام و لاین هاي گندم محتوي کروموزوم یا کروموزوم هاي ژنوم Eb فراهم می شود.
مواد و روشها
مواد گیاهی : لاین هاي اولیه تریتی پایرم شامل Ma/b ,Cr/b ,Ka/b ,La/b ,La - 4B - 4D/b, Az/b ,St/b ، علف وحشی شور ساحل، رقم چینی بهاره گندم، رقم تتراپلوئید گندم St، ارقام هیرمند و هامون سیستان، لاین هاي امید بخش تریتیکاله شامل 4116،4115،4103 ،4108 و M45 بودند.
روشها: استخراج DNA از برگهاي جوان لاینهاي اولیه تریتی پایرم و سایر مواد گیاهی، به روش مینی پروب با تغییرات اساسی انجام گرفت. تکثیر DNA با استفاده از پرایمرهاي تصادفی و نیمه تصادفی، در حجم واکنش 25 میکرولیتر شامل آب دو بار تقطیراستریل، بافر PCR با غلظت 1x، Mgcl2 با غلظت 3 میلی مولار،dNTP با غلظت 200 میکرومول، پرایمر با غلظت 0/4 میکرومول، DNA با غلظت 50 نانوگرم و آنزیم تک پلی مراز 1 واحد به میکروتیوپ هاي 0/2 سی سی صورت گرفت.
برنامه ترموسایکلر شامل:
واسرشته سازي اولیه در93 درجه سانتیگراد به مدت 150 ثانیه، 42 سیکل: واسرشته سا.ي ثانویه در 93 درجه به مدت 1 دقیقه، دماي اتصال 36 درجه براي پرایمرهاي تصادفی و 60 درجه براي پرایمرهاي نیمه تصادفی به مدت 1 دقیقه ، و دماي بسط در 71 درجه به مدت 2 دقیقه و در نهایت یک بسط نهایی 71 درجه به مدت 8 دقیقه انجام گرفت. محصول PCR با الکتروفورز ژل اگارز 1/8 درصد تفکیک شده و توسط رنگ آمیزي با اتیدیوم بروماید و عکس برداري با دستگاه ژل خوان نوارها مشاهده گردید.
