بخشی از مقاله
چکیده
انگشت نگاري DNA به کمک نشانگر هاي ریز ماهواره از جمله کاربرد هاي مهم نشانگر هاست که می تواند اطلاعات مفید و قابل اعتمادي را در اختیار محققین قرار دهد. بدلیل اهمیت موضوع، تحقیقی در جهاد دانشگاهی استان زنجان بر روي ارقام زیتون به منظور تهیه شناسنامه ژنتیکی انجام گرفت. در این بررسی تعداد 77 رقم زیتون موجود در کلکسیون تحقیقاتی طارم با استفاده از 9 آغازگر ریزماهواره مورد مطالعه قرار گرفتند و در مجموع 118 آلل در کل جمعیت مشاهده گردید.
بیشترین تعداد آلل هاي مشاهده شده در جمعیت کل مربوط به مکان ژنی AII با تعداد 18 آلل بود و بیشترین تنوع ژنی براي جمعیت کل در همان جایگاه و برابر 0.92 اندازه گیري شد. تجزیه خوشه اي، ژنوتیپ ها را با توجه به منشا جغرافیایشان از هم تفکیک نمود. همچنین داده هاي حاصل از این بررسی توانست براي تمامی ارقام تحت مطالعه شناسنامه ژنتیکی تهیه کند.
واژگان کلیدي: زیتون، انگشت نگار ژنتیکی، نشانگرهاي ریز ماهواره
مقدمه
یکی از مشکلات توسعه باغات زیتون در ایران، عدم یکنواختی در احداث باغ هاي زیتون کشور است. براي حل این مشکل ابتدا لازم و ضروري است که ارقام زیتون موجود در کشور به طور دقیق شناسایی شده و سپس نسبت به تکثیر آنها اقدام گردد. شناسایی و تقسیم ارقام به دو روش صورت می گیرد؛ روش مرفولوژیکی و روش ملوکولی. بدلیل اینکه روش هاي ملوکولی به طور دقیق تر ما را در طبقه بندي گیاهان کمک می نمایند، در این بررسی با استفاده از نشانگر هاي ریزماهواره، اقدام به تهیه شناسنامه ژنتیکی 77 رقم زیتون موجود در کلکسیون مرکز تحقیقات طارم گردید.
مواد و روش ها
برگ هاي جوان از ارقام زیتون جمع آوري شد و استخراج DNA با استفاده از روش CTAB تغییر یافته صورت گرفت. سپس کیفیت DNA با استفاده از آگارز 0.8 درصد تعیین گردید. به منظور انجام واکنش زنجیره اي پلیمراز، از آغازگر هایی که با بررسی نقشه هاي لینکاژي در دسترس انتخاب گردیده بودند، استفاده شد. براي دستیابی به بهترین الگوي دمایی، از روش Touch Down PCR استفاده شد. با توجه به اندازه آلل ها و قدرت تفکیک ژل هاي مختلف، پلی آکریل آمید 7 درصد براي تفکیک آلل هاي مورد نظر به کار برده شد.
بعد از نمایان شدن باندها، با استفاده از نرم افزار One-DScan امتیاز دهی باند ها ابتدا با توجه به وزن آنها و متعاقبا به صورت صفر و یک انجام شد و به منظور تجزیه و تحلیل داده ها از نرم افزار هاي استفاده گردید.براي گروه بندي ژنوتیپ ها، الگوریتم هاي مختلف تجزیه خوشه اي بر اساس چندین ضریب تشابه مورد استفاده قرار گرفت.
نتایج و بحث
نتایج حاصل از روش UPGMA بر اساس ضریب ژاکارد، چهار گروه اصلی را در ارقام مورد مطالعه مشخص نمود. ضریب کوفنتیک بدست آمده براي دندروگرام این مطالعه برابر با 0.89 می باشد که همبستگی بالایی بوده و بیانگر کارایی الگوریتم مورد استفاده براي تجزیه خوشه اي می باشد.
دندروگرام مربوط به 77 رقم مورد مطالعه
همچنین پروفایل تکثیر آغازگر ها براي ارقام تحت تحقیق رسم شده است که از این پروفایل ها می توان به عنوان انگشت نگار ژنتیکی ارقام استفاده کرد به کمک این نشانگر ها می توان ارقامی را که هنوز هویت مشخصی ندارند را با توجه به داده هاي حاصل از جایگاه هاي ریز ماهواره اي این پژوهش مورد شناسایی قرار داد. ضمنا نتایج حاصل از این تحقیق، در قالب کیت طراحی شده و در سازمان ثبت اسناد و املاك با شماره 69426 به ثبت رسیده است.
