مقاله بررسی تنوع ژنتیکی ارقام بادام با استفاده از نشانگر R A-seq SSR

word قابل ویرایش
6 صفحه
دسته : اطلاعیه ها
12700 تومان
127,000 ریال – خرید و دانلود

بررسی تنوع ژنتیکی ارقام بادام با استفاده از نشانگر R A-seq SSR
خلاصه
در این پژوهش تنوع و ارتباط ژنتیکی ١٩ رقم ایرانی و خارجی بادام با استفاده از ١٢ جفت آغازگر RNAseq-SSR مورد ارزیابی قرار گرفت . ١٢ جفت آغازگر استفاده شده در مجموع ۶۴ آلل را آشکار کردند، تجزیه خوشه ای بر اساس ضریب تشابه جاکارد و روش UPGMA انجام شد و نشان داد که ارقام H وM٣ بیشترین تشابه را دارند. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگرهای RNA-seq SSR ابزار خوبی برای بررسی تنوع ژنتیکی بادام می باشد و توصیه می شود جهت برنامه های اصلاحی و شناسایی ارقام استفاده شود.

کلمات کلیدی : بادام، نشانگر R Aseq-SSR، شناسایی مولکولی
١. مقدمه
بادام، با نام علمی Prunus dulcis متعلق به خانواده Rosaceae و زیرخانواده Pronoideae گیاهی دیپلویید و ١۶ کروموزومی است و هم ردیف و خویشاوند هلو˓ شلیل و آلو می باشد و می تواند با آنها تلقیح شود [١]. این گیاه عموما خود ناسازگار و از نظر خلوص ژنتیکی ناخالص است . از طرفی یکی از مهم ترین محصولات آجیلی عمده جهان بوده و تولید میوه آن ارزش اقتصادی بالایی دارد [٢]. بادام دارای تنوع وسیعی از نظر شکل و فرم ریخت شناسی و جغرافیایی می باشد [٣]. آگاهی از تنوع ژنتیکی ومدیریت منابع ژنتیکی یکی از اجزای مهم برنامه های اصلاح نباتات تلقی می شود زیرا ضمن حفاظت از ذخایر ژنتیکی ، قابلیت استفاده آن ها را در برنامه های اصلاحی افزایش می دهد .[۴]
روش های مولکولی متعددی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و تشخیص ذخایر توارثی در گیاهان ابداع شده اند. در این میان˓ ریز ماهوارهها یا توالی تکراری ساده (SSR) به علت دارا بودن مزایایی از قبیل سیستم چند اللی ˓ بروز هم بارز˓ قابلیت تکرار آسان و توزیع وسیع و تصادفی در طول ژنوم کاربرد وسیعی در انگشت نگاری DNA داشته و به عنوان نشانگرهای انتخابی در بسیاری از برنامه های اصلاح گیاهی می باشند [۵]. یکی از انواع روشهای توالی یابی با توان بالا که اخیرا برای بررسی ترنسکریپت ها در سطح وسیع استفاده می شود روش RNA sequencing( RNA-seq) است که شامل توالی یابی کل cDNA مربوط به سلول یا یک بافت خاص، می باشد. این روش برای بررسی ترنسکریپت های جدید (کد شونده و غیرکدشونده)، شناسایی انواع اسپلایس های ژن، تجزیه و تحلیل بیان ژن و کشف SNPهای درون ژن مورد استفاده قرار می گیرد [۶]. نشانگرهای مبتنی بر mRNA همچون Est-SSR و RNAseq-SSR به علت نشان دادن تنوع در مناطق رونویسی شونده می توانند تخمین دقیق تری از تنوع عملکردی را فراهم کنند. در این پژوهش از توالی های RNA-seq بادام که توسط موسوی و همکاران [٧] گزارش شد، استفاده گردید. هدف از این بررسی ، ارائه اطلاعات در مورد ساختار ژنتیکی جمعیت های ایرانی و خارجی بادام و یافتن ارتباط و تنوع ژنتیکی موجود میان این ارقام می باشد.
٢. مواد و روشها
مواد گیاهی مورد استفاده در این پژوهش شامل ١٩ رقم بادام (١٠ رقم ایرانی و ٩ رقم خارجی ) بود که از مؤسسه نهال و بذر کرج تهیه شدند. استخراج DNA با استفاده از روش تغییریافته CTAB [٨] انجام شد. در این پژوهش از توالی های RNA-seq بادام که توسط موسوی و همکاران (٢٠١۴) گزارش شد، استفاده گردید که شامل کل توالی های RNAی استخراج شده از بساک و تخمدان ژنوتیپ H بادام تحت دو شرایط کنترل و سرمای ٢- بود. ١٢ جفت آغازگر RNAseq-SSR، با استفاده از نرم افزار SSR LOCATOR طراحی و برای تکثیر DNA استفاده شدند. تکثیر DNA با استفاده از یک دستگاه ترموسایکلر ایندورف و به صورت Touch down انجام شد. در نهایت فرآورده های PCR بر روی ژل ٨ در صد پلی اکریل امید غیر واسرشت ساز بارگذاری و الکتروفورز شدند. رنگ آمیزی ژل پلی اکریل آمید با اتیدیوم برماید انجام شد (شکل ١). رتبه بندی باندها به صورت ١ برای وجود باند و ٠ برای عدم وجود باند انجام گرفت و ماتریس داده های خام تشکیل داده شد. ماتریس مذکور برای به دست آوردن فواصل ژنتیکی و رسم دندروگرام با استفاده از نرم افزار [٩] j٢١ NTsys مورد استفاده قرار گرفت . همچنین تنوع ژنتیکی ، شاخص شانون، فاصله ژنتیکی بر اساس (١٩٧٨ ,Nei) ، جریان ژنی ، در نرم افزار GenAlex [١٠] مورد محاسبه قرار گرفت .

این فقط قسمتی از متن مقاله است . جهت دریافت کل متن مقاله ، لطفا آن را خریداری نمایید
word قابل ویرایش - قیمت 12700 تومان در 6 صفحه
127,000 ریال – خرید و دانلود
سایر مقالات موجود در این موضوع
دیدگاه خود را مطرح فرمایید . وظیفه ماست که به سوالات شما پاسخ دهیم

پاسخ دیدگاه شما ایمیل خواهد شد