بخشی از مقاله
پوتی ویروسهاي غلات از مهمترین ویروسهاي آلوده کننده غلات در جهان محسوب میشوند. تاکنون چندین ویروس از این گروه در ایران گزارش شده است. از بین آنها دو ویروس موزائیک کوتولگی ذرت - Maize dwarf mosaic virus, MDMV - و موزائیک جنوبی مرغ - Bermuda grass southern mosaic virus, BgSMV - بترتیب از شمال و جنوب ایران گزارش شده اند که تشابه زیادي با یکدیگر دارند. براي درك درست از روند تغییرات و تشابه نوکلئوتیدي BgSMV با سایر پوتی ویروسهاي غلات، ترادف نوکلئوتیدي ناحیه CP-UTR چند جدایه آن به طریق RT-PCR، همسانه سازي و ترادف یابی شد و مشابهت آنها بوسیله نرم افزار SimPlot بررسی گردید. نتایج بدست آمده نشان داد که MDMV نسبت به سایر پوتی ویروسهاي غلات قرابت بیشتري با BgSMV دارد.
روند تغییرات و مشابهت نوکلئوتیدي در ناحیه CP-UTR در دو ویروس فوق بسیار نزدیک است. از طرف 5́ به 3́ میزان شباهت افزایش پیدا میکند و در موقعیت نوکلئوتیدي 700 به بالاترین حد خود میرسد و سپس بتدریج کاهش مییابد. بنابراین قسمتهاي میانی CP، موقعیت 550 تا 750 حفاظت شده ترین ناحیه و قسمت5 ژن CP ناحیه بسیار متغیر است. مقایسه ترادف دو ویروس نشان میدهد که 90 BgSMV نوکلئوتید در این ناحیه - ابتداي ژن - CP بیشتر از MDMV دارد. در آنالیز فیلوژنتیک، شاخه هاي BgSMV با MDMV شاخه مشترکی تشکیل میدهند که با SrMV قرابت دارد. بررسیها حاکی از وجود قطعه اي مشابه این قطعه90 نوکلئوتیدي، در SrMV در موقعیت مشابه میباشد. این مسئله نشان دهنده وقوع حذف - deletion - این قطعه در اجداد MDMV میباشد، ولی در BgSMV بدلیل تکثیر غیر جنسی میزبان مرغ کمتر دستخوش تغییرات بوده است.
مقدمه
پوتی ویروس هاي غلات از مهمترین ویروس هاي آلوده کننده غلات در جهان محسوب می شوند. این ویروس ها در 6 گروه شامل ویروس موزائیک قیاق - Johnson grass mosaic virus, JGMV - ، ویروس موزائیک ایرانی قیاق - Iranian Johnson - grass mosaic virus, IJMV، ویروس موزائیک نیشکر - Sugarcane mosaic virus, SCMV - ، ویروس موزائیک کوتولگی ذرت - Maize dwarf mosaic virus, MDMV - ، ویروس موزائیک جنوبی مرغ - Bermuda grass southern mosaic virus, - BgSMV و ویروس موزائیک سورگوم - Sorghum mosaic virus, SrMV - قرار می گیرند - Maumi and Izadpanah . - 1998 تاکنون چندین ویروس از این گروه از ایران گزارش شده است.
از میان آنها ویروس موزائیک کوتولگی ذرت - MDMV - از شمال ایران - معصومی و همکاران، - 1382 و ویروس موزائیک جنوبی مرغ - BgSMV - از جنوب ایران - معصومی و ایزدپناه، 1381 الف و ب - گزارش شده است که تشابه زیادي با یکدیگر دارند. اگرچه BgSMV با داشتن تفاوت هایی از جمله تولید مهمیزك در AGD، فقدان توانایی آلوده کردن قیاق و وجود 90 نوکلئوتید اضافی در ناحیهَ5ژن CP از MDMV متمایز می شود . - Zare et al., 2005 -
مواد و روش ها
جدایه هاي مورد مطالعه از گیاهان مرغ با علائم موزائیک از مناطق جیرفت، برازجان، بوشهر، شوشتر، اندیمشک، بهبهان و رامهرمز جمع آوري و در این آزمایش مورد استفاده قرار گرفتند. پس از عصاره گیري نمونه ها با بافر سیترات آمونیوم 0/1 مولار pH = 6/5، RNA ویروس با استفاده از کیت - Roche - mRNA Capture جذب شده و با آغازگرهاي اختصاصی مربوط به ناحیه CP-UTR BgSMV، آزمون RT-PCR انجام شد. محصول PCR با استفاده از کیت InsT/A clone PCR product cloning kit - Fermentas, Lithunia - در پلاسمید pTZ57R/T همسانه سازي و سپس ترادف یابی شد. ترادفهاي بدست آمده با سایر پوتی ویروس هاي غلات همردیف سازي گردید و روند تغییرات و مشابهت نوکلئوتیدي جدایه هاي این ویروس با سایر پوتی ویروس هاي غلات با استفاده از نرم افزار SimPlot بررسی گردید.
نتایج و بحث
با استفاده از نرم افزار SimPlot گروه هاي مختلف پوتی ویروس هاي غلات با یکدیگر بر اساس ترادف نوکلئوتیدي ناحیه CP-UTR مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج بدست آمده نشان داد که ویروس موزائیک کوتولگی ذرت نسبت به سایر پوتی ویروسهاي غلات قرابت بیشتري به BgSMV دارد. روند تغییرات و مشابهت نوکلئوتیدي در ناحیه CP-UTR در دو ویروس فوق بسیار نزدیک است. از طرف 5́ به 3́ میزان شباهت افزایش پیدا میکند و در موقعیت نوکلئوتیدي 700 به بالاترین حد خود میرسد و سپس بتدریج کاهش می یابد.
بنابراین قسمتهاي میانی CP، موقعیت 550 تا 750 حفاظت شده ترین ناحیه - مربوط به ناحیه کربوکسیلی ژن - CPو قسمت 5́ ژن CP - ناحیه آمینی - ناحیه بسیار متغیر است - شکل . - 1 حفاظت بالا در ناحیه مرکزي ژن CP مبین اهمیت این ناحیه در ساختار و مونتاژ زیر واحدهاي CP است . - Shukla et al., 1988 - در صورتی که تنوع در ناحیه آمینی نشان دهنده نقش این ناحیه در فعالیت هاي اختصاصی ویروس و نیز برهمکنش هاي ویروس – ناقل- میزبان است . - Reichmann et al., 1992 -
مقایسه ترادف دو ویروس نشان میدهد که 90 BgSMV نوکلئوتید در این ناحیه - ابتداي ژن - CP بیشتر از MDMV دارد - شکل . - 2 در آنالیز فیلوژنتیک، شاخه هاي BgSMV با MDMV شاخه مشترکی تشکیل میدهند که با SrMV قرابت دارد - شکل . - 3 بررسیها حاکی از وجود قطعه اي مشابه این قطعه90 نوکلئوتیدي، در SrMV در موقعیت مشابه میباشد. این مسئله نشان دهنده وقوع حذف - deletion - این قطعه در اجداد MDMV میباشد، ولی در BgSMV بدلیل تکثیر غیر جنسی میزبان مرغ کمتر دستخوش تغییرات بوده است.
